マラリアの病態はすべて、赤血球内で増殖する寄生虫によるものです。マラリアの主な発作は、頭痛、発熱、食欲不振、倦怠感、筋肉痛で始まります。これに続いて、悪寒、発熱、大量の発汗の発作が起こります。吐き気、嘔吐、下痢が起こる場合があります。このような症状は感染症では珍しいことではなく、マラリアがしばしば「偉大な模倣者」と呼ばれるのはこのためです。
種によっては、発作は特徴的な周期性を持つ傾向があります。三日熱マラリア原虫、卵形マラリア原虫および熱帯熱マラリア原虫の周期は 48 時間であり、マラリア原虫の周期は 72 時間です。