分子系統発生学では、分子の手法と戦略的な手法を組み合わせて、生物または遺伝子の間の進化のつながりを誘導します。、しばらくしてから種または遺伝子間のつながりをグラフで示す発生ツリーで表現することです。分子データはいくつかの当面の点を与えます。まず、分子情報は広大で基本的に無限の文字の配置を提供します。理論的には、すべてのヌクレオチドの位置は文字とみなされ、自由であらゆる生物のDNAには、数百万から数十億のヌクレオチドの位置があります。 さらに、ゲノムのサイズが目立つため、自然選択が特定のヌクレオチドの変化を強力に推進するいわゆる、ほとんどのヌクレオチド変化は自然選択によって「目立たなくなる」、突然変異とランダムな遺伝による浮動のみの影響を受けます。
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